V čele České asociace pedagogického výzkumu stojí výbor (volený na dvouleté období); byl zvolen 3. září 2010 a má v současné době toto složení:

Doc. PaedDr. Petr Urbánek, Dr. (předseda)
Fakulta přírodovědně-humanitní a pedagogická Technické univerzity v Liberci

RNDr. Dominik Dvořák
Pedagogická fakulta UK Praha

Prof. PhDr. Helena Grecmanová, Ph.D.
Pedagogická fakulta Univerzity Palackého v Olomouci

Doc. PhDr. Tomáš Janík, Ph.D.
Pedagogická fakulta Masarykovy univerzity v Brně

PhDr. Petr Novotný, Ph.D.
Filosofická fakulta Masarykovy univerzity v Brně

Tajemnicí ČAPV je paní Ilona Jelínková
Fakulta přírodovědně-humanitní a pedagogická Technické univerzity v Liberci

Čestným předsedou ČAPV je Prof. PhDr. Jan Průcha, DrSc., Dr.h.c.